رئیس مجلس شورای اسلامی نیز در پیامی رحلت سید عبدالله فاطمی‌نیا را به رهبر معظم انقلاب، مراجع عظام تقلید، حوزه‌های علمیه و بیت ایشان تسلیت گفت.
در متن پیام تسلیت محمدباقر قالیباف برای رحلت سید عبدالله فاطمی‌نیا آمده است: اذا مات العالم ثُلم فی الإسلام ثَلمة لا یسدّها شیء إلی یوم القیامة. خبر درگذشت عالم ربانی، عارف واصل، مورخ، کتاب‌شناس و ادیب چیره‌دست، معلم اخلاق و مراد و مقبول اهل نظر، حضرت آیت‌الله سید عبدالله فاطمی‌نیا را دریافت کردم و عمیقا متاثر و متاسف شدم. رئیس مجلس شورای اسلامی در این پیام افزود: حضرت آیت‌الله فاطمی‌نیا در سال‌های طولانی عمر شریف و بابرکت خود معارف حقه اسلام را ترویج نمودند و در راه تعلیم فهم درست و دقیق منابع دینی خدمات درخشانی ارائه کردند و با برپایی جلسات تفسیر صحیفه سجادیه، نهج‌البلاغه و زیارت جامعه کبیره باقیات صالحات ارزشمندی از خود بر جای گذاشتند.